El tránsito externo permite que mercancías no pertenecientes a la Unión circulen entre dos puntos del territorio sin quedar sometidas mientras tanto a derechos de importación, otros gravámenes y medidas de política comercial que no prohíban su entrada o salida. El tránsito interno permite circular mercancías de la Unión entre dos puntos pasando por un país o territorio exterior sin perder su estatuto (artículos 226-227 CAU).
El titular del tránsito debe presentar las mercancías intactas en destino, dentro del plazo y respetando las medidas de identificación. El artículo 233.4 permite autorizar simplificaciones, entre ellas que un expedidor autorizado incluya mercancías en tránsito sin presentarlas en aduana. Los artículos 191-193 del Reglamento Delegado exigen establecimiento, uso regular, cumplimiento y capacidad de supervisión. El artículo 313 del Reglamento de Ejecución delimita el Estado miembro en el que puede usarse cada simplificación y el artículo 314 concreta la presentación electrónica de la declaración por el expedidor autorizado y el inicio tras el plazo fijado en la autorización.
En el régimen de depósito, las mercancías no pertenecientes a la Unión pueden almacenarse sin derechos de importación ni otros gravámenes y sin medidas de política comercial que no prohíban la entrada o salida. El depósito aduanero utiliza instalaciones autorizadas; la zona franca es un espacio delimitado (artículos 237, 240 y 245 CAU).
El depósito temporal no es un régimen aduanero. Es la situación de las mercancías no pertenecientes a la Unión desde su presentación hasta su inclusión en un régimen o reexportación. El artículo 144 CAU las coloca en depósito temporal desde la presentación; los artículos 147-149 regulan instalaciones, responsabilidades y movimientos, y el plazo máximo para incluirlas en un régimen o reexportarlas es de 90 días. La declaración de depósito temporal puede rectificarse o invalidarse bajo las condiciones del artículo 152 CAU.
El Reglamento de Ejecución permite emplear sistemas portuarios o aeroportuarios para presentar las mercancías (artículo 190), regula la consulta entre Estados en autorizaciones de almacenes de depósito temporal (artículo 191), la aceptación de la declaración (artículo 192), los traslados entre almacenes (artículo 193) y el alcance territorial de la autorización (artículo 194). Los regímenes especiales se ultiman cuando las mercancías o productos se incluyen en otro régimen, salen, se destruyen sin residuos o se abandonan al Estado (artículo 215 CAU).