Los artículos 61 a 66 de la Ley 40/2015 determinan la posición y las funciones de los principales órganos de la organización central.
Ministros
Los Ministros son los titulares de los departamentos ministeriales y, como tales, dirigen los sectores de actividad administrativa integrados en su ministerio. Ejercen la potestad reglamentaria en las materias propias de su departamento, fijan sus objetivos, aprueban sus planes de actuación, asignan recursos, evalúan la ejecución, nombran y separan a los titulares de los órganos directivos cuando no corresponda al Consejo de Ministros o a otro órgano, resuelven conflictos de atribuciones y ejercen la superior dirección del personal.
Además de ser órganos superiores de la Administración General del Estado, los Ministros son miembros del Gobierno. Esta doble condición los diferencia de los Secretarios de Estado, que son órganos superiores de la Administración, pero no miembros del Gobierno.
Secretarios de Estado
Los Secretarios de Estado son directamente responsables de la ejecución de la acción del Gobierno en un sector de actividad específico. Actúan bajo la dirección del titular del departamento al que pertenezcan. Cuando están adscritos a la Presidencia del Gobierno, actúan bajo la dirección del Presidente.
Dirigen y coordinan las Secretarías y Direcciones Generales situadas bajo su dependencia, responden ante el Ministro de la ejecución de los objetivos de la Secretaría de Estado, nombran y separan a los Subdirectores Generales dependientes de ella, mantienen relaciones con los órganos de las comunidades autónomas competentes por razón de la materia y ejercen las competencias que les atribuya la legislación o les delegue el Ministro.
Son nombrados y separados por real decreto del Consejo de Ministros, aprobado a propuesta del Presidente del Gobierno o del miembro del Gobierno a cuyo departamento pertenezcan. Los suplirá quien determine el orden de precedencia derivado del real decreto de estructura orgánica del ministerio.
Subsecretarios
Los Subsecretarios ostentan la representación ordinaria del ministerio y dirigen sus servicios comunes. Apoyan a los órganos superiores en la planificación, asesoran jurídicamente al Ministro, coordinan las actuaciones del departamento, ejercen la jefatura superior del personal, administran los recursos y proponen medidas de organización. También ejercen la inspección de los órganos, organismos y entidades dependientes o adscritos al departamento.
Son nombrados y separados por real decreto del Consejo de Ministros, a propuesta del titular del ministerio. El nombramiento debe efectuarse entre funcionarios de carrera del Estado, de las comunidades autónomas o de las entidades locales pertenecientes al subgrupo A1, o entre personas que hubieran perdido esa condición como consecuencia de su jubilación. En todo caso, deben reunir los requisitos de idoneidad exigidos para los altos cargos.
Directores Generales
Los Directores Generales son titulares de los órganos directivos encargados de gestionar una o varias áreas funcionalmente homogéneas del ministerio. Proponen proyectos para alcanzar los objetivos asignados, dirigen su ejecución, ejercen las competencias atribuidas a la Dirección General y controlan las unidades dependientes.
Son nombrados y separados por real decreto del Consejo de Ministros, a propuesta del titular del departamento o del Presidente del Gobierno. Con carácter general, el nombramiento se realiza entre funcionarios de carrera del subgrupo A1 o entre personas que hubieran perdido esa condición como consecuencia de su jubilación. El real decreto de estructura puede permitir motivadamente que el titular no reúna la condición de funcionario cuando las características específicas de la Dirección General lo justifiquen. En todo caso, deben cumplirse los requisitos de idoneidad establecidos para los altos cargos.
Comparación de los órganos principales| Órgano | Clase | Función característica | Nombramiento o posición |
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| Ministro | Órgano superior y miembro del Gobierno | Dirige el departamento y los sectores de actividad administrativa que lo integran. | Nombrado y separado por el Rey a propuesta del Presidente del Gobierno. |
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| Secretario de Estado | Órgano superior | Ejecuta la acción del Gobierno en un sector específico. | Real decreto del Consejo de Ministros, a propuesta del Presidente o del miembro del Gobierno del departamento. |
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| Subsecretario | Órgano directivo | Ostenta la representación ordinaria y dirige los servicios comunes. | Real decreto del Consejo de Ministros; entre funcionarios de carrera del subgrupo A1. |
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| Director General | Órgano directivo | Gestiona una o varias áreas funcionalmente homogéneas. | Real decreto del Consejo de Ministros; como regla general, entre funcionarios de carrera del subgrupo A1. |
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La Secretaría General es un órgano directivo con categoría de Subsecretaría al que se aplican las normas sobre nombramiento de los Subsecretarios. La Secretaría General Técnica tiene categoría de Dirección General y ejerce competencias sobre producción normativa, asistencia jurídica y publicaciones. La Subdirección General es responsable inmediata de ejecutar proyectos, objetivos o actividades y de gestionar ordinariamente los asuntos de su competencia.
Síntesis del apartado
La clasificación legal separa la fijación de planes y la dirección política-administrativa, atribuida a los órganos superiores, de su desarrollo y ejecución, atribuidos a los órganos directivos. Dentro de cada categoría, la función específica permite diferenciar al Ministro, al Secretario de Estado, al Subsecretario y al Director General.