El artículo 66 LGT somete a un plazo de cuatro años cuatro derechos distintos: el de la Administración a determinar la deuda mediante liquidación; el de exigir el pago de deudas liquidadas y autoliquidadas; el del obligado a solicitar devoluciones tributarias, devoluciones de ingresos indebidos y reembolso del coste de garantías; y el derecho a obtener esas devoluciones y reembolsos. La identidad de plazo no significa que todos comiencen ni se interrumpan del mismo modo.
El derecho general de la Administración a comprobar e investigar no queda afectado por la prescripción del artículo 66. Sin embargo, el artículo 66 bis fija diez años para iniciar la comprobación de bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación y de deducciones aplicadas o pendientes de aplicación. El plazo se cuenta desde el día siguiente al fin del plazo de declaración del ejercicio en el que se generó el derecho. La comprobación y eventual regularización solo pueden realizarse dentro de un procedimiento relativo a obligaciones y periodos cuyo derecho a liquidar no esté prescrito. Subsiste, además, el deber de aportar las liquidaciones, autoliquidaciones y contabilidad necesarias cuando esas bases, cuotas o deducciones se aplican en ejercicios no prescritos.
Para liquidar, el plazo de cuatro años comienza al día siguiente del fin del plazo reglamentario de declaración o autoliquidación. En tributos periódicos por recibo que no exigen declaración, comienza el día del devengo. Para exigir el pago, empieza al día siguiente de finalizar el periodo voluntario. Para responsables solidarios, se inicia como regla tras finalizar el periodo voluntario del deudor principal, salvo que el presupuesto de responsabilidad sea posterior; para responsables subsidiarios comienza desde la notificación de la última actuación recaudatoria frente al deudor principal o a un responsable solidario.
El plazo para solicitar una devolución comienza tras finalizar el periodo establecido para pedirla o, si no existe, desde que pudo solicitarse. En ingresos indebidos se cuenta desde el día siguiente al ingreso o, si se realizó dentro del plazo de autoliquidación, desde que este termine. Si una resolución firme declara improcedente el acto, comienza al día siguiente de su firmeza. Cuando dos tributos incompatibles graven la misma operación, el plazo para pedir la devolución del tributo improcedente comienza desde la resolución del órgano encargado de decidir cuál es el procedente. Para obtener una devolución ya reconocida se cuenta desde el día siguiente al fin del plazo legal para efectuarla o desde la notificación del acuerdo que reconoce el derecho.
La interrupción hace que el plazo vuelva a computarse. El derecho a liquidar se interrumpe por actuaciones administrativas conocidas formalmente y dirigidas a reconocer, regularizar, comprobar, inspeccionar, asegurar o liquidar; por recursos, reclamaciones y actuaciones judiciales o penales legalmente previstas; y por actuaciones fehacientes del obligado conducentes a liquidar o autoliquidar. El derecho a cobrar se interrumpe por actuaciones administrativas efectivas de recaudación, por recursos y acciones de cobro, concurso y paralizaciones judiciales, y por actuaciones fehacientes del obligado encaminadas al pago o extinción.
El derecho a solicitar devoluciones o reembolsos se interrumpe por actuaciones fehacientes del obligado que los pretendan o que soliciten rectificar la autoliquidación, y por reclamaciones o recursos. El derecho a obtenerlos se interrumpe por acciones administrativas dirigidas a pagar, por la reclamación fehaciente del obligado y por recursos. Las actuaciones análogas realizadas en otro Estado en el marco de la asistencia mutua también interrumpen.
Los procesos judiciales, penales y concursales determinan reglas especiales para reanudar el cómputo. La interrupción respecto de un obligado se extiende a los demás, incluidos responsables, salvo la reclamación limitada a la parte de una obligación mancomunada. Si existen varias deudas liquidadas, la interrupción solo afecta a la deuda a la que se refiere. La suspensión por litigio, concurso u otra causa legal frente al deudor principal o un responsable afecta al resto de obligados solidarios en los términos del artículo 68.8. Además, la interrupción del derecho a liquidar una obligación puede extenderse a obligaciones conexas cuando sus elementos determinen una tributación distinta por la regularización de aquella.
La prescripción ganada aprovecha a los obligados al pago con los límites del artículo 68.8, se aplica de oficio incluso si la deuda ya se pagó y extingue la deuda tributaria (artículo 69 LGT). No requiere invocación del interesado. Se diferencia de la caducidad: la prescripción afecta a los derechos sustantivos enumerados por la LGT y puede interrumpirse, mientras que la caducidad deriva del transcurso del plazo máximo de un procedimiento y produce los efectos establecidos para ese procedimiento, sin equivaler por sí sola a la prescripción del derecho material.
Las obligaciones formales vinculadas a una obligación propia solo pueden exigirse, como regla, mientras no haya prescrito el derecho a determinar esta última. Si sirven para cumplir obligaciones de terceros, la conservación y suministro de libros, facturas e información se mantienen durante el plazo mercantil o durante el plazo exigible para las propias obligaciones formales, si este es mayor. Finalmente, la justificación de datos procedentes de periodos prescritos subsiste mientras puedan afectar a deudas no prescritas y, en todo caso, durante los plazos especiales del artículo 66 bis.