El artículo 122 LGT permite presentar autoliquidaciones complementarias y declaraciones o comunicaciones complementarias o sustitutivas dentro del plazo de presentación o después de que termine, siempre que no haya prescrito el derecho de la Administración a determinar la deuda. Si se presentan una vez finalizado el plazo, tienen carácter extemporáneo. Esa calificación temporal no determina por sí sola un recargo o una sanción: sus consecuencias exigen comprobar los presupuestos de las normas que regulen cada efecto.
Una declaración complementaria incorpora datos nuevos o modifica parcialmente una declaración anterior referida a la misma obligación y periodo; la declaración inicial subsiste en lo no afectado. Una declaración sustitutiva reemplaza íntegramente el contenido de la anterior. El artículo 118 RGAT exige indicar expresamente la modalidad, la obligación y el periodo a que se refiere.
Cuando se trata de una declaración a partir de la cual la Administración debe practicar liquidación, la complementaria o sustitutiva solo puede presentarse antes de la liquidación correspondiente a la declaración inicial. La liquidación tomará en consideración los datos completados o sustituidos. Después de liquidar, debe solicitarse la rectificación por el cauce reglamentario, descontando de la cuota resultante el importe de la liquidación inicial. También pueden existir declaraciones complementarias o sustitutivas presentadas para cumplir una obligación exclusivamente formal.
La autoliquidación complementaria se refiere a la misma obligación y periodo que una autoliquidación anterior y debe arrojar un ingreso superior o una devolución o compensación inferior. La anterior subsiste en la parte no afectada. Conforme al artículo 119 RGAT, la complementaria debe identificarse como tal e incorporar todos los datos: los que permanecen, los que se modifican y los nuevos. La cuantificación se realiza sobre el conjunto, deduciendo del resultado el importe de la autoliquidación inicial.
Si antes de presentar la complementaria se había solicitado una devolución improcedente o excesiva y aún no se había efectuado, termina el procedimiento de devolución iniciado por la autoliquidación anterior. Si la devolución ya se obtuvo, debe ingresarse la cantidad indebidamente percibida junto con la cuota que, en su caso, resulte de la complementaria. Cuando el nuevo resultado favorece los intereses del obligado, no procede utilizar una complementaria, sino el cauce de rectificación aplicable.
El artículo 122.2 LGT contiene una regla particular para la pérdida posterior del derecho a una exención, deducción o incentivo fiscal por incumplimiento de sus requisitos. Salvo que se establezca específicamente otra cosa, la cuota o cantidad aplicada indebidamente en periodos anteriores debe incluirse, junto con los intereses de demora, en la autoliquidación correspondiente al periodo en que se produjo el incumplimiento.
En las comunicaciones de datos, la complementaria modifica o añade datos personales, familiares o económicos y deja subsistente la comunicación anterior en lo no afectado; la sustitutiva la reemplaza. El artículo 120 RGAT solo permite ambas antes de que se acuerde la devolución o se comunique que no procede. Adoptada esa decisión, la modificación se solicita mediante rectificación.