La competencia general de la AEAT comprende la aplicación efectiva del sistema tributario estatal y aduanero, la gestión de los recursos públicos que se le encomienden y las funciones de cooperación y auxilio previstas en los apartados 2 a 6 del artículo 103.Uno de la Ley 31/1990. La distribución interna de las principales áreas funcionales se concreta en la Orden PRE/3581/2007, de 10 de diciembre, cuya redacción consolidada incorpora la modificación publicada el 13 de septiembre de 2025.
El Departamento de Gestión Tributaria, regulado por el artículo 4 de la Orden PRE/3581/2007, dirige, planifica y coordina las actuaciones y procedimientos de gestión tributaria y la potestad sancionadora vinculada a ellos. En esta área se encuadran la información y asistencia tributaria; la formación y mantenimiento de censos; el control de las obligaciones periódicas de empresarios, profesionales y retenedores; y la dirección y coordinación de los procedimientos de gestión destinados a comprobar y, cuando proceda, regularizar el cumplimiento de las obligaciones de su competencia.
El Departamento de Inspección Financiera y Tributaria, conforme al artículo 5 de la Orden PRE/3581/2007, dirige, planifica y coordina la inspección tributaria y la potestad sancionadora vinculada a ella, salvo las materias atribuidas a otras áreas funcionales. Entre sus competencias se encuentran el análisis del fraude fiscal; la elaboración de estudios, métodos y propuestas para prevenirlo y combatirlo; la coordinación y realización de investigaciones; la obtención de información; la auditoría informática; y la realización directa de actuaciones inspectoras en los casos previstos por la norma.
En este departamento se integra la Oficina Nacional de Investigación del Fraude (ONIF). El apartado Dos.1 de la Resolución de 24 de marzo de 1992, en su redacción consolidada vigente, establece su dependencia de la persona titular del Departamento de Inspección Financiera y Tributaria y le atribuye las funciones de análisis e investigación del fraude, obtención de información, auditoría informática y actuaciones inspectoras previstas en las letras q) a u) del artículo 5.1 de la Orden PRE/3581/2007. La ONIF está dirigida por su jefatura, asistida por una adjuntía, y se estructura en el Equipo Central de Información y en las áreas que se determinen.
El Departamento de Recaudación, regulado en el artículo 6 de la Orden PRE/3581/2007, dirige, planifica y coordina la gestión recaudatoria atribuida a la Agencia o asumida mediante convenio o concierto. También estudia, diseña y programa las actuaciones recaudatorias; coordina las relativas a deudores en procesos concursales; planifica la prevención y lucha contra el fraude en este ámbito; realiza las actuaciones y resuelve los expedientes que se le asignen; y coordina la gestión dirigida al cobro de deudas tributarias. Estas atribuciones delimitan su ámbito orgánico sin desarrollar los procedimientos de recaudación, que son objeto de otros temas del programa.
Entre las competencias expresamente atribuidas al Departamento de Recaudación, el artículo 6.1.l de la Orden PRE/3581/2007 incluye la resolución de los expedientes de deducción sobre las cantidades que la Administración General del Estado deba transferir a entes territoriales, organismos autónomos, Seguridad Social y demás entidades de Derecho público. Se trata de una competencia orgánica concreta y distinta de la deducción como figura propia de determinados tributos.
El Departamento de Aduanas e Impuestos Especiales, de acuerdo con el artículo 7 de la Orden PRE/3581/2007, dirige y coordina la aplicación del sistema aduanero y de los impuestos especiales dentro de las competencias de la AEAT. En este ámbito se integran el control del tráfico exterior de mercancías, la aplicación de la normativa aduanera de la Unión, la gestión e inspección de los impuestos especiales, la vigilancia aduanera y las actuaciones que correspondan en materia de contrabando.
El Departamento de Informática Tributaria, regulado por el artículo 8, dirige y coordina los sistemas y tecnologías de la información de la Agencia. Su función es transversal: sostiene la sede electrónica, el tratamiento de la información, las aplicaciones tributarias y aduaneras, la explotación de datos y la infraestructura tecnológica necesaria para los servicios de asistencia y control, siempre dentro de las reglas aplicables al acceso y uso de la información tributaria.
El Departamento de Recursos Humanos, conforme al artículo 9, dirige y coordina la política de personal, la planificación de recursos humanos, la selección y formación, las relaciones laborales y las demás competencias que le atribuye la norma. Su actividad no aplica directamente los tributos, pero proporciona y ordena los medios personales necesarios para que funcionen las restantes áreas.
Los artículos 4 a 7 de la Orden PRE/3581/2007 atribuyen a las áreas funcionales correspondientes la dirección, planificación y coordinación de la potestad sancionadora vinculada a las actuaciones y procedimientos de su respectivo ámbito.
Las funciones de la AEAT no incluyen la aprobación de leyes tributarias. Tampoco toda interpretación tributaria procede de la Agencia: las competencias interpretativas generales atribuidas a la Dirección General de Tributos se mantienen diferenciadas de la aplicación material que realiza la AEAT.